１つのプロジェクト内に作成できるフロー数に上限はありますか？

１つのプロジェクト内に作成できるフロー数の上限はありません。ただし、ひとつのプロジェクトファイルのサイズが大きくなるとコンパイルにかかる時間が長くなりますので、適度にプロジェクトを分割することをおすすめします。